El Instituto de Electrónica Aplicada fue creado el 29 de octubre de 1988 mediante Voto Resolutivo Nº 18, en el Primer Congreso Interno de la Universidad Mayor de San Andrés, bajo las siguientes consideraciones principales:

• Es necesario desarrollar una estrategia Nacional de investigación en Electrónica Aplicada.
• La problemática nacional exige elaborar proyectos de investigación aplicada rentables para captar recursos económicos y financieros, ahorro de divisas y hacer frente a la dependencia tecnológica.

Su reglamento de funcionamiento fue aprobado mediante Resolución Nº 108/98 del Honorable Consejo Universitario. Y el 27 de agosto de 2014 mediante la Resolución Nº 326/2014 del Honorable Consejo Universitario, se aprueba el presupuesto para la obra EDIFICIO INSTITUTO DE ELECTRÓNICA APLICADA, CAMPUS UNIVERSITARIO COTA COTA. El 12 de Julio de 2018, se lleva a cabo la inauguración del Edificio Instituto de Electrónica Aplicada, Campus Universitario Cota Cota.